Coyne je znan po svojih kritikah kreacionizma, ob tem pa je zagovornik ideje, da je znanost in religijo nemogoče združiti. Kot evolucijski biolog v svojih delih z empiričnimi argumenti, kot so fosilni ostanki, primeri iz molekularne biologije in embriologije, preprič­ljivo zagovarja evolucijsko teorijo, ki jo je v svojem delu O nastanku vrst opisal že Charles Darwin.